Odrębną część ekspozycji zajmuje sala poświęcona historii Drzewa Pawiackiego – świadka niemieckich zbrodni, który jako jedyny, obok fragmentu bramy wjazdowej przetrwał wysadzenie przez Niemców Pawiaka 21 sierpnia 1944 r., a po wojnie stał się pomnikiem ku czci pomordowanych więźniów.
